Антон Карпунов окончил педиатрический факультет Архангельской государственной медицинской академии. Интернатуру проходил в родильном отделении Архангельской областной клинической больницы, затем работал врачом-гинекологом Уемской городской больницы Приморского района.

С 2002 по 2010 годы трудился в Архангельском областном клиническом онкологическом диспансере, где прошел путь от врача-ординатора до руководителя учреждения.

С 2010 года по март 2015 года работал главным врачом Ненецкой окружной больницы в городе Нарьян-Мар.

Кандидат медицинских наук.

Напомним, информация о том, что ряд министров правительства Архангельской области покинут свои кресла после досрочных выборов губернатора, появилась в местных СМИ еще в ноябре. В числе прочих «отставников» называлась и глава областного минздрава Лариса Меньшикова.