Следственными органами  Бушуеву предъявлено обвинение в похищение несовершеннолетнего, насильственных действиях сексуального характера в отношении малолетнего и в убийстве заведомо находящегося в беспомощном состоянии, сопряженном с похищением человека и с насильственными действиями сексуального характера.
 
По версии следствия, 20 июля 1999 года на участке местности у Лахтинского шоссе в городе Архангельске Бушуев встретил 11-летнего мальчика и против воли завел того к себе на участок. Он удерживал школьника в одном из строений, где совершил в отношении него насильственные действия сексуального характера. Затем, желая скрыть совершенные преступления, задушил потерпевшего и спрятал тело в лесном массиве.  
 
В результате работы, направленной на раскрытие преступлений прошлых лет, а также благодаря современным возможностям экспертиз, установлена причастность к вышеуказанным преступлениям Александра Бушуева.
 
В ходе допроса обвиняемый вину не признал.
 
Расследованием занимается отдел по расследованию особо важных дел Следственного управления Следственного комитета России по Архангельской области и НАО.
 
Напомним, что в 2011 году Александра Бушуева признали виновным в разбойном нападение, убийстве четырех лиц, краже. Уголовное дело рассматривалось с участием присяжных заседателей, которые единогласно вынесли обвинительный вердикт подсудимому.